中关村哈工大先进技术研究院采取“双轮驱动-四元耦合”的创新型运营模式，由哈工大高精尖技术和中关村企业市场产生双向供需驱动，打通高校技术和真实市场供需两端的对接。建立哈工大科研机构、研究院有限公司、创投并购基金和项目公司四位一体的四级合作模式（“1+1+1+N”模式），通过科研机构输出技术成果，实体公司对接中关村企业需求、提供创业所需生活和产业基础服务，创投并购基金遴选项目扶持，最终形成一批优秀项目公司。优秀的项目公司被并购或上市后，为学校科研机构和科研工作者带来巨大收益，也为创投并购基金和研究院有限公司提供收益回报，在组织结构上实现产学研用紧密结合和市场配置资源，推动技术、产品与产业的深度融合。
运营国家级、省级、市级孵化器和众创空间共计5家、总孵化面积12.73万平方米。管理科技成果产业化天使基金5支，规模2亿元。转化以哈工大为代表的哈市科技成果62项，其中，依托自有资金投资科技成果34项，总投资金额近1.2亿元，累计为在孵企业对接投融资4.5亿元。